自2006年12月15日起，厦门松柏汽车站进行了分站运营。北站主要负责连接泉州、莆田、福州、宁德、南平等地区的班线，包括三明地区的三明、大田、尤溪班线，以及长途线路如浙江、上海、江苏、安徽、河南、北京等地的班车。此外，北站还覆盖江西南昌、广丰、铅山班线以及湖北的思施、监利、荆州、来凤等方向。长途客车从厦门松柏汽车站北站出发，通过厦门大桥进出厦门中心城区。
南站即厦门湖滨南汽车站，主要服务的地区包括湖滨南长途汽车站的漳州、龙岩地区，三明地区的建宁、将乐等班线。此外，南站还连接广东、香港、海南等南方省份，以及江西的赣州、吉安等地的班车。湖南的长沙、茶陵等地的长途班线也在湖滨南汽车站的运营范围内，湖北的武汉和枣阳班线同样由南站始发。这些班线均经由海沧大桥进出厦门市的中心区域。
厦门松柏汽车站， 厦门市长途客运重要职能的梧村汽车站，发完前往深圳的最后一班车后，结束营运。与此同时，总造价超过1000万元的松柏汽车站从今日早上6时40分起投入营运。2004年08月01日松柏汽车站承接梧村汽车站所有职能，开行的汽车班线、班次、发车时刻、票价均保持不变。 已全部完工的松柏汽车站总建筑面积为4486平方米。其中候车室分为两层，设有12个售票窗口，共2000平方米，一层发省外班车，二层发高速直达班车；行包房1000平方米；站前广场3000余平方米，停车位达18个，可供的士车辆和接送旅客的车辆临时停靠使用。
