Windows 98有两个版本，分别是第一版和第二版，即SE版。第二版在第一版的基础上做了多项改进。内置软件方面，第二版将Internet Explorer升级到了5.0版本，DirectX版本升级为6.1，Windows媒体播放器也升级到了6.2版，支持MP3格式。Netmeeting 3.0的性能得到了提升，可以更快速地运行。新版还修补了大量Bug，包括微软自发布Windows 98以来的所有补丁。尽管如此，新的Bug也随之产生。在使用Win98SE时，总体稳定性并没有显著提升，但IE5比IE4更加稳定。Win98SE的一大亮点是新增和更新了大量驱动程序，包括USB、Device Bay、IEEE1394、ACPI、WebTV、Cable-Modem以及DSL等硬件的驱动程序。Device Bay是可移动磁盘和其他存储设备的一种硬件规范，Win98SE开始支持Device Bay驱动器。Win98SE还增加了对更广范围WebTV调谐器卡的支持，并允许从“运行”对话框中打开一个频道，进一步增强了对WebTV的支持。新版USB驱动程序解决了老版本Win98存在的问题，使用新版USB驱动程序的Modem速度得到了显著提升。Win98SE的连网功能也得到了改进，其中最显著的变化是ICS（Internet Connection Sharing）功能。ICS使得连网的Windows 98系统能够共享一条Internet连接，而不再需要通过代理服务器软件如Sygate或Wingate。ICS的使用非常简便，只需在控制面板中选择相应的项目，剩下的操作将自动完成。Win98SE还对拨号连网进行了增强，包括为虚拟私用网络（Virtual Private Networks）而设计的安全性功能。流行版本的Win98SE简体中文版版本号为4.10.2184.1，估计为测试版。Win98SE的英文版本版本号为4.10.2222.A。如果你想升级到Win98SE，可以从Windows更新站点下载新版操作系统的大部分内容。下载内容包括Microsoft Internet Explorer 5和Windows 98 Service Pack 1，唯一没有包括的新功能是ICS。要获得ICS，你需要购买新的完整第二版Windows 98或一张19.95美元的升级光盘。
