《生命树》共40集，采用90年代反盗猎、2010年代反盗采双线叙事，分阶段分集剧情如下：
第1-5集 巡山队成立：上世纪90年代青海玛治县贫困，副县长多杰为探矿脱贫，在县长林培生支持下成立巡山队，枪法过人的援藏医生遗孤白菊被多杰挽留留队。首次进山后众人撞见藏羚羊被屠杀的惨状，多杰决心转向生态保护、推动建立自然保护区。白菊与省城记者邵云飞初遇互生好感，随后盗猎分子炸毁巡山队仓库，枪杀18岁队员冬智巴，白菊抓获部分盗猎者但主犯逃脱。
第6-10集 多杰失踪，巡山队解散：多杰带白菊进山，白菊得知多杰的女儿曾牺牲在无人区；白菊因犹豫未对年轻盗猎者开枪被多杰严厉训斥，邵云飞申请留队深度报道。保护区即将建成前夕，多杰遭盗猎利益集团伏击谋害，遗体被藏匿还被污蔑卷公款叛逃，群龙无首的巡山队被迫解散，白菊被调走，邵云飞离开玛治县。
第11-35集 真相重启，追查线索：十多年后，博拉木拉煤矿盗采泛滥，已是副镇长的白菊主动回高原调查，与已是知名作家的邵云飞重逢，两人联手追查多杰失踪旧案与盗采问题，逐步挖出矿业投资人孟耀辉、公安局长史隆、原县长林培生组成的保护伞内鬼网络，调查多次遭遇追杀阻挠，白菊循着多杰的巡山日记逐步接近真相。
第36-40集（大结局）真相大白，生态守护延续：众人最终抓获盗猎头目李永强，找到多杰埋在雪山17年的骸骨，还原被害真相恢复其烈士清名，彻底打掉盘踞当地多年的盗猎盗采利益集团，最终博拉木拉成功获批国家级自然保护区，白菊带领乡亲走上生态致富道路，延续了前辈的生态守护使命。
