D125次列车存在两条不同的运行路线，途经站点有所不同，具体如下：
第一条路线：上海站至西安站该线路的D125次列车从上海站出发，沿途停靠嘉兴、无锡、南京、徐州、郑州、渭南等主要站点，最终抵达西安站。其中，嘉兴站是上海周边的重要枢纽，无锡与南京作为江苏省的核心城市，承担着客流中转功能；徐州站位于苏鲁豫皖交界处，是京沪铁路与陇海铁路的交汇点；郑州站作为中原地区的交通枢纽，连接华北与西北；渭南站则是进入陕西前的最后一站，为旅客提供进入关中平原的过渡服务。
第二条路线：哈尔滨西站至吉林站此线路的D125次列车实际由D124次列车运行至长春站后变更班次号而来。列车从哈尔滨西站始发，依次停靠双城北站、扶余北站、长春站，最终到达吉林站。双城北站与扶余北站位于黑龙江省境内，是哈大高铁的重要节点；长春站作为东北地区的铁路枢纽，连接哈尔滨与沈阳方向；吉林站为终点站，服务于吉林省中部的旅客出行。
关键说明两条线路的D125次列车在车次编号上相同，但运行方向、途经区域及停靠站点完全独立。上海至西安线路覆盖华东与西北地区，途经站点以省会城市和区域枢纽为主；哈尔滨至吉林线路则聚焦东北地区内部连接，停靠站点相对集中。旅客需根据出发地与目的地核对具体线路信息，避免因车次编号重复导致行程混淆。
