《庆余年》中肖恩的秘密是关于神庙的位置以及他与叶轻眉的相遇经历。
肖恩曾是北齐的特务头子，与叶轻眉有着一面之缘。多年前，肖恩与苦荷一同前往北方寻找传说中的神庙。在极寒之地，历经艰辛后，他们终于见到了神庙的大门，但无法直接进入。就在他们准备放弃时，神庙的门从内部打开，叶轻眉从中走出，手持两只箱子。肖恩和苦荷被这一景象震撼，苦荷甚至对叶轻眉下跪行礼。叶轻眉给了苦荷一本武功秘籍，使苦荷后来成为了大宗师；而给肖恩的则是一颗丹药。叶轻眉离开前，要求肖恩和苦荷保守秘密，不得泄露神庙的位置和她的存在，因为泄露这些信息可能会给世界带来巨大的灾难。
肖恩将这个秘密深藏心底多年，即使在鉴查院的地牢中受尽折磨，也未曾透露分毫。直到他与范闲一同坠崖，生命垂危之际，才将这个秘密告知范闲。肖恩误以为范闲是自己的孙子，因为陈萍萍曾利用肖恩对孙子的思念之情，编造谎言让肖恩相信范闲就是他的后代。肖恩在临死前，不仅告诉了范闲关于神庙的秘密，还揭示了范闲的真实身世——他是叶轻眉与庆帝的儿子，而非范建之子。
这一秘密的揭露，不仅让范闲对自己的身世有了更清晰的认识，也让他对神庙产生了浓厚的兴趣。神庙作为《庆余年》中的一个神秘存在，其内部究竟藏有何种超越时代的力量，成为了后续剧情的一个重要悬念。而肖恩的牺牲，也为整个故事增添了更多的悲壮色彩。
