在MyEclipse 6.5中配置Web开发环境（包括Tomcat和JDK）的步骤如下：
准备工作：
确保已安装MyEclipse 6.5、Apache-Tomcat-6.0.29和JDK 1.6.0_41，并记录各自的安装路径。
配置Tomcat：
打开MyEclipse 6.5，点击菜单栏的“Window”，选择“Preferences”。
在Preferences对话框中，搜索“Tomcat”，找到并点击“Tomcat 6.x”。
在右侧界面中，指定Tomcat 6在硬盘中的安装路径，并勾选“Enable”选项。
点击“OK”保存设置。
配置JDK：
在Preferences对话框中，找到并点击“JDK”（位于Tomcat 6.x配置下方）。
在右侧界面中，点击“Add”按钮，添加JDK 1.6.0_41的安装路径。
确认JDK配置无误后，点击“OK”保存设置。
验证配置：
完成上述步骤后，可尝试创建一个简单的Web项目并部署到Tomcat服务器上，以验证配置是否成功。如果项目能够正常运行，则说明Web开发环境已配置成功。
