5.25吋软盘的常见容量为360KB（单密度/低密度）和1.2MB（双面高密度），其中双面高密度版本在90年代中期前是主流标准，存储容量为1.2MB。
5.25吋软盘的容量差异主要由磁记录密度技术决定。早期单密度（Single Density）或低密度（Low Density）软盘采用单面单密度记录方式，每英寸磁道仅能存储少量数据，典型容量为360KB。这种规格多用于20世纪70年代末至80年代初的计算机系统，如Apple II、IBM PC XT等，其数据传输速率较低，但兼容性广泛。
随着技术进步，双面高密度（Double-Sided High Density）软盘成为主流。通过增加磁道密度（从48 TPI提升至96 TPI）和采用更高效的编码方式（如MFM调制），单面存储容量提升至600KB，双面则达到1.2MB。这一规格在1984年后逐渐普及，成为IBM PC/AT及兼容机的标准配置，并持续使用至90年代中期，直至被3.5吋软盘取代。
部分厂商曾推出非标准容量的5.25吋软盘，如720KB（双面双密度）或1.44MB（通过超密度技术实现），但这些规格因兼容性问题未广泛流行。主流系统仍以360KB和1.2MB为基准，驱动器通常通过跳线或软件设置切换模式以兼容不同密度软盘。
5.25吋软盘的容量演变反映了计算机存储技术从机械限制向电子密度优化的转型，其1.2MB版本作为最后一代主流规格，成为个人计算机早期发展史的重要见证。
