自来也被佩恩杀死是多重因素交织的结果，具体如下：
一是实力差距：自来也虽为木叶三忍之一，掌握仙人模式，能召唤蛤蟆，还会八卦六洞封印术、手里剑影分身术等强大技能。但佩恩是六个，是轮回眼能力在六个不同个体的具现化。每个佩恩都有强大的攻击、防御、精神控制能力，且能互相支援、共享视野。“万象天引”和“神罗天征”等招式，极大限制了自来也的体术和忍术。他难以一次性应对六个不同攻击角度和能力的佩恩，虽一开始压制了“人间道”和“畜生道”，但很快陷入被动。
二是情报失误：自来也去雨隐村调查佩恩，虽通过潜入侦查到佩恩数量和一些能力，但没想到佩恩是六具长门操控的身体。他以为面对的是几个强大个体，实际是与操控“部队”的指挥官周旋。当他意识到佩恩本体藏于地下且有特殊查克拉连接时，已身受重伤且周围都是敌人眼线，无法及时传递重要情报。同时，他低估了佩恩的“再生”能力和“六道”之间的信息共享。
三是孤军作战：自来也此次前往雨隐村独自行动，虽有可召唤的蛤蟆，但面对数量众多的佩恩及强大攻击，蛤蟆难以形成有效支援。他未提前通知木叶高层或召集其他影级忍者一同前往，其单枪匹马解决问题的性格，使他在面对强大敌人时势单力薄。
四是壮烈牺牲：自来也深入敌后执行极度危险任务，为获取情报甘冒生命危险。看到佩恩数量和实力后，他知道自己难以全身而退，但为传递情报，选择继续战斗并付出生命。最后时刻，他用尽最后一丝查克拉准备反击，以命相搏为木叶换取了宝贵情报。
