《天师钟馗之慧剑问情》讲述了吕洞宾与牡丹仙子跨越四生四世的爱情故事，核心情节围绕两人转世重逢、外界阻挠及最终抉择展开：
第一阶段：天庭初遇与私奔受罚牡丹仙子在蟠桃大会上与吕洞宾一见倾心，二人私奔下凡，触犯天条。玉帝震怒，将牡丹仙子贬下凡尘，令其经受轮回之苦；吕洞宾则被软禁天庭面壁思过。但吕洞宾不忍牡丹仙子独自受难，私下凡尘寻找其转世，试图再续前缘。
第二阶段：第三世转世与紫玫瑰的报复牡丹仙子第三世转世为白牡丹。吕洞宾感应到她有难，下凡相救。此时，对吕洞宾心生爱慕的紫玫瑰因妒恨报复，谎称吕洞宾是自己的丈夫，诬陷其为骗子。白牡丹信以为真，对吕洞宾下了逐客令，二人首次重逢以误会告终。
第三阶段：第四世转世与隐姓埋名的守护牡丹仙子第四世转世为侠女公孙静，与师兄柳丹已有婚约。公孙静与师兄行侠仗义时，发现拜月教教主雷志远作恶多端，欲为民除害却失手被擒。危急之际，吕洞宾化名“李未名”出手相救，并隐姓埋名默默守护在她身边，强忍痛苦不表露身份。
第四阶段：阴谋揭露与生死抉择紫玫瑰附身雷志远，绑架公孙静和吕洞宾，故意揭露吕洞宾的真实身份。公孙静得知前世姻缘后深受感动，甘心背负逃婚骂名，与吕洞宾远走高飞。紫玫瑰却故意引钟馗找到二人，吕洞宾和公孙静眼见无处可逃，决定携手共赴黄泉。钟馗奉旨捉拿吕洞宾，却被两人生死不渝的爱情打动，以凡人的方式比剑时有意网开一面。
第五阶段：阴谋终结与代价吕洞宾和公孙静希望做一对真正的凡人夫妻，但公孙静再次被雷志远抓走。钟馗与吕洞宾联手斩杀雷志远，降魔剑和吕洞宾的长剑同时刺入雷志远身体时，紫玫瑰从其体内飘出，吕洞宾才知一切阴谋皆因紫玫瑰因爱生恨。紫玫瑰最终化为乌有，而钟馗因违抗天命、私放吕洞宾，并以降魔剑杀了凡人，被贬为凡人。
