《覆雨翻云》的结局是燕王登基，他善待蒙古人，风行烈和梦瑶最终在一起了，范良极和云清也在岭南找到了彼此，虚夜月则选择了韩柏。整个故事以三对有情人终成眷属作为结尾。在结局中，燕王为了夺位，攻打皇城，八大派也加入战团，但蒙古军激烈反抗，战事陷入胶着。韩柏和风行烈在军人冢中约定决斗，作为情如手足的兄弟，他们最终命丧于此，让众人唏嘘不已。韩柏与风行烈同时使出杀招，剑尖对剑尖。允炆军队失去蒙古军队的支持，叶素冬倒戈打开城门，允炆最终被活捉至殿上，供出当日正是他下毒害死朱元璋。燕王听闻后感叹不已，决定让允炆削发为僧，反省自己的过错。自此，天下大定，燕王登基后，推行仁政，善待蒙古人，最终实现汉蒙一家。虚夜月提出以一年时间为期限，让她好好考虑与燕王及韩柏的三角恋情。秦梦瑶在天下太平后，心中感到十分安慰。她向范良极表示不会接掌慈航净斋掌门之职，也不会四处追查风行烈的下落，决定一切顺其自然。因此，秦梦瑶向范良极道别后，开始了云游天下的旅程。若干年后，秦梦瑶在蒙古草原上，目睹了一幕奇境，这让她心中百感交集。
