是的，秦莞和燕迟最后在一起了，结局圆满。
两人一同经历了“井底沉尸案”“百草园噬心案”等诸多生死考验，在这个过程中，他们的关系从最初的互相试探逐渐转变为彼此信任。燕迟为秦莞扫清了许多障碍，例如安排长公主作为她的靠山；而秦莞则凭借自己的验尸术帮助燕迟查案。
不过，他们的感情之路并非一帆风顺。由于身份差距以及皇权的阻挠，两人曾产生过误会。比如在大婚当日，秦莞被皇帝强留宫中。但即便如此，他们最终还是联手揭露了假帝的阴谋。
在结局方面，剧版和原著有所不同。剧版中，燕迟放弃了兵权，或者是在扶幼帝登基后辞位，然后携秦莞归隐山林；而在原著里，燕迟称帝，秦莞成为皇后。无论哪种结局，他们都实现了“为死者言，为生者权”的初心，感情也终成正果。
