李肇星的家庭温馨而充满爱。他与妻子秦小梅的深厚感情，曾被外交部传为佳话。他们大学时是同班同学，秦小梅的善良与责任感深深地吸引了李肇星。
妻子秦晓梅，曾是中国驻联合国代表参赞和外交部驻香港特派员公署国际组织部副主任。她的家庭背景同样令人敬佩，岳父秦力真是著名外交家，曾是刘少奇的秘书，原中华人民共和国外交部领事司司长。
李肇星夫妇育有一子，名为禾禾。为了让他懂得自己的根源，李肇星特别注重培养禾禾的爱国情怀。禾禾从北京四中毕业后，考入清华大学，后又赴美留学。2001年，他以优异的成绩从清华大学毕业，并通过网络找到了工作。2004年，禾禾又考入哈佛大学工商管理学院。李肇星作为一位开明的父亲，充分尊重儿子的意愿。
早在2000年5月，李肇星为正在美国留学的禾禾写了一首诗，表达了自己的心声：
“别忘了你是前外交部长李肇星之子，你是朋友的朋友，你是亲人的亲人，你是祖国的儿子。这是一切的根。”
李肇星，男，汉族，1940年10月生，山东胶南人。大学文化。1964年北京大学西语系毕业后，在外交部工作。后入北京外国语学院翻译班学习。1965 年12月加入中国共产党。1967年11月任外交学会科员。1970年8月后，任中国驻肯尼亚使馆职员、随员。1977年6月后，任外交部新闻司科员、副处长。1983年6月任中国驻莱索托使馆一等秘书。1985年3月后，任外交部新闻司副司长、司长。1990年2月任外交部部长助理。1992年12月后，任中国驻联合国代表、大使。1995年2月任外交部副部长。1998年3月任中国驻美国特命全权大使。中共第十五届中央候补委员。
