1. 基因型不同的雌雄性配子交配过程。由于绝大多数果树都是基因型杂合的，在减数分裂产生雌雄配子时，染色体的分离和组合能够产生不同基因组合的配子类型。这使得每次有性杂交的基因型都产生广泛分离，杂交产生的基因重组是导致变异的主要原因，其中还会产生优于双亲的类型。这为新品种选育提供育种材料，也可直接从中选择，获得新品种。2. 有性杂交有天然授粉的，也有人工授粉的，由此而进行的育种方法，前者称为实生选种，后者称杂交育种。果树有性杂交与1～2年生有性繁殖作物不同，其选用亲本的基因型是杂合的，获得的后代群体实生苗的基因型与选出优良单系的基因型也都是杂合的。每次有性杂交产生大量的基因型重组单株，通过自然选择和人工选择，获得优良单系通过无性繁殖，保持这些重组效应中的优良类型而形成品种。对杂合性无性繁殖的果树来说，有性杂交后代具有组合育种和优势育种性质。3. 为获得预期效果，常采用不同杂交方式：①简单杂交，即两个品种间杂交；②回交，由两亲本产生的杂种再与亲本之一进行一次或一次以上的杂交；③复式杂交，指2个以上品种经过2次以上的杂交。4. 在有性杂交下，控制质量性状的基因重组和性状表现按分离规律、独立分配规律和连锁遗传规律表现广泛分离。由于基因之间的互相作用，使表现型产生更为复杂的变化。有性杂交对于数量性状来说，基因重组可产生加性效应和非加性效应。5. 果树是杂合体，所以有性杂交后代性状遗传变异规律，也与1～2年生有性繁殖作物不同。其主要特点是①品种间杂种性状分离广泛；②杂种群体经济性状普遍衰退；③杂种群体若干经济性状呈趋中变异。
