梅津美治郎因其在关东军的杰出表现，被选为关东军司令官。他被认为头脑冷静、多谋善断，对重大事件态度坚决果断。在1939年，梅津被昭和天皇任命为关东军司令官，并兼任驻满特命全权大使。他被赋予重建关东军，推进对苏作战准备，并进一步“开发”伪满资源，提供战争物资的任务。
梅津上任后，首要任务是重建和加强关东军。自诺门坎事件以后，关东军损失很大，需要从人力物力上加以补充。同时，加速对日本的宿敌苏联的作战准备。为此，梅津在中国东北下令修筑了许多堡垒，并与满洲铁道株式会社协作，修通了伪满新京至朝鲜平壤间的战略铁路。1940年12月，梅津签署创立了第731部队（即制造细菌武器机关）4个支队及有关驻地的秘密命令。
1941年6月22日，苏德战争爆发，日本政府和大本营受到很大冲击。梅津认为苏德开战以后，苏联势必成为日本的现实敌人，日本应该优先解决北方问题，然后再解决南方问题。通过了《形势的发展及帝国国策纲要》，指出“帝国要致力于解决日中战争问题，并视形势的变化解决北方问题”。7月2日的御前会议批准了上述纲要。
为准备解决北方问题，陆军进行了前所未有的动员和集中，将此行动称之为“关东军特种演习”，简称“关特演”。梅津此时正担任关东军司令官，是这次“关特演”的具体指挥官。这次对苏作战准备，除了动员关东军和朝鲜派遣军之外，还动员了驻内地的部队。关东军的兵力倍增，最多时达85万人。对北方的武力行动确定在远东苏军西运参加苏德战争，德军进攻顺利等时机成熟之后再开始。然而，后来由于西运的远东苏军人数很少，又受到季节的限制，大本营遂于8月9日放弃了年内解决北方问题的企图。
1942年7月14日，关东军进行改编，新建立了第1方面军和第2方面军。山下奉文和阿南惟几分别被任命为第1方面军和第2方面军司令官。关东军司令部也随之升格为总司令部，梅津大将也升为关东军总司令官。此后，梅津全力以赴，加紧督促部队训练。他频繁前往第一线部队进行视察，慰问第一线士兵，为他们鼓气。
同年十月，关东军升任为总军，梅津成为了首任关东总军的司令。与此同时，日本的同盟德国也早已向苏宣战，日本在太平洋战场的对美战争中也开始处于不利形势，日本大本营便感到了北方苏联所潜在的威胁，随即下令让日本关东军在东北的满苏边界修建防御工事，抓捕的劳工也自然是东北三省的成年中国人了。为了确保安全，他们在强迫中国劳工修完防御工事后，就将劳工集中关押，用机枪扫射，杀人灭口。为的是不泄露防御工事中的机密。使得成千上万的中国人民死在修筑过程中或修筑后被集体屠杀。梅津在任期间也命令军队残酷镇压和围剿东北抗日联军，使得中国人民的抗日斗争在1939-1944年期间变得异常艰苦。
在梅津的领导下，关东军在1942年下半年至1943年上半年处于全盛时期。其编成内甚至有日本独立无二的一个机甲军，拥有800辆坦克。还编有一个第二航空军，其机械化和现代化程度是日本最高的。在梅津任司令官的五年里，关东军这支自建立之日起便不听指挥、自作主张，下克上之风横行的部队终于消停了。关东军没有再挑起事端使日本能够专心于南方战场，这也算是梅津的一个“功劳”。他的统率力因此受到日本朝野的一致称赞。
梅津美治郎，日本侵华战争重要罪魁之一，是日本军国主义侵华战争和对外扩张侵略政策的重要人物。生于1882年，日本大分县人。1948年11月，梅津以甲级战犯罪被判处无期徒刑。1949年1月8日，梅津美治郎因患癌症死于东京巢鸭监狱。
