《爸爸父亲爹》的结局是宁宝林为了儿子口中的新世界，大义凛然地赴死。
在大结局中，宁宝林设计救出了季晓楠，并告诉她自己的家人都死在了季明宇手里。之后宁五原赶到，救出了季晓楠。季晓楠在打听关于杏儿的事儿时，开始怀疑季明宇可能就是宁五原的亲生父亲。同时，宁宝莉为了掩护运输计划，故意引出多疑的李秋成，但最终李秋成用手中的宁雅芝作为人质，逼宁五原现身。在一场大战后，宁宝林在季明宇以为大功告成的时候对他反戈一击，原来这一切都是宁宝林的计策。
此外，有一部分剧情也暗示了结局的走向。宁宝林、李八一和苏明远三个男人共同抚养了一个孩子宁五原，而宁五原在成长过程中加入了共产党，成为了合格的共产主义接班人。为了得到珍贵的情报，宁五原和三位父亲展开了周旋，在此过程中，他意外地发现了自己的真正身世，他的亲生父亲竟然是警察厅的厅长季明宇。
总的来说，《爸爸父亲爹》的结局充满了戏剧性和反转，给观众留下了深刻的印象。
