南通市通州区人民政府是江苏省南通市通州区的国家行政管理机关，驻地位于通州区朝霞路88号 。该机关依法行使地方行政管理职能，涵盖经济社会规划、教育文化、环境保护、公共安全等领域，下设发展和改革、教育体育、财政等职能部门，由区长、副区长组成领导团队，统筹区内政务服务和民生保障工作 。
2009年3月23日，国务院批准同意江苏省调整南通市部分行政区划，撤销通州市，设立南通市通州区。3月31日，江苏省人民政府下发通知，成立南通市通州区人民政府，行政区域沿用原建制，区人民政府驻金沙镇 。近年来重点推进行政复议集中办理改革、第五次全国经济普查组织及科创产业培育等工作，发布《加快培育未来产业工作方案》等政策文件 。根据2025年政府信息公开工作年度报告，政府门户网站全年发布信息12498条，网站累计访问量超684万次；全区行政机关共收到政府信息公开申请831件 。2025年上半年，全区实现地区生产总值956.9亿元。部门预算公开涵盖收支结构、财政拨款等核心数据，通过政务服务网提供行政审批和公示公告服务 。
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