莲师心咒的作用和好处主要体现在消除障碍、净化三业、成就功德、祛除内外障碍、护国佑民、临终往生、实现愿望、获得护佑及制伏鬼神等方面。
消除障碍与降伏魔怨：莲师心咒被视为消除修行障碍、降伏魔怨的殊胜法门。通过持诵，可破除修行路上的阻碍，为成就佛法创造条件。
净化三业：咒语中的“嗡啊吽”分别对应净化身业、语业、意业，总摄“三金刚”（身、语、意究竟清净）。这一过程有助于修行者达到身心清净，为更高层次的修行奠定基础。
成就功德：持诵莲师心咒可成就世间与出世间一切功德，圆满一切愿力，摧毁无明障蔽。这意味着修行者不仅能获得世俗的福报，还能在精神层面实现突破。
祛除内外障碍：该心咒能遣除外魔（如疾病、灾祸）、内魔（烦恼执著）、秘密魔（细微习气）。通过持诵，修行者可减少生活中的困扰，提升内心的平和与稳定。
护国佑民：在藏地传统中，持诵莲师心咒可平息地水火风灾厄，护持国土安宁。这一作用体现了心咒对集体福祉的积极影响。
临终往生：虔诚修持者，临终时莲师将亲临接引至“邬金刹土”。这一承诺为修行者提供了终极的归宿，增强了修行的动力。
实现愿望：每日持诵满108遍，可让诸多美好愿望得以实现，如自然丰收饮食财物、与心爱之人常保不离等。这一作用使心咒成为实现个人目标的工具。
获得护佑：若每日念至三千至七千遍，十方诸佛将时刻守护，护法、空行或本尊都将紧密围绕，护佑不舍。这一保护机制为修行者提供了安全感和信心。
制伏鬼神：念至百万遍乃至千万遍，可获得无上威力，制伏三界鬼神，是护身之法宝。这一作用体现了心咒在极端情况下的保护能力。
