氯苯胍在兽医领域中主要用于家禽和家兔的球虫病防治。对于家禽，它是一种有效的抗球虫药物，特别针对柔嫩、毒害、布氏、巨型、堆型和缓和早熟艾美耳球虫。在60毫克/公斤的饲料浓度下，无论是单独感染还是混合感染，都能显示出良好的防治作用。与氯羟吡啶相比，它对毒害和和缓艾美耳球虫的防治效果相近，而在预防柔嫩、堆型、巨型和布氏艾美耳球虫方面则更优。然而，值得注意的是，使用低药料浓度（如30毫克/公斤）时，虽然不会影响家禽的球虫免疫力，但可能降低抗球虫的疗效。因此，对于突发的急性球虫病，建议仍然采用60毫克/公斤的药料浓度进行治疗。在家兔方面，氯苯胍虽对兔肠艾美耳球虫的效果稍逊色，但对大多数兔艾美耳球虫，如中型艾美耳球虫和无残艾美耳球虫等，具有良好的防治效果。因此，它在兔球虫病的防治中也占据了一席之地。
